La collection compte principalement des tableaux représentatifs de l’art religieux et historique ainsi que des portraits. La collection de vitraux est, tant sur le plan quantitatif que qualitatif, la plus importante de son genre au niveau international.

Le musée possède une remarquable collection de sculptures en bois et de retables du Moyen Âge, qui est représentative du patrimoine artistique conservé sur le territoire suisse dans le domaine de la statuaire médiévale.

Cette collection est constituée de fresques et peintures murales, parmi lesquelles on mentionnera en particulier les fresques carolingiennes de Müstair, les nombreuses fresques romanes provenant de différents bâtiments ainsi que la peinture murale de Hans Erni. Les fresques de Ferdinand Hodler sont exposées dans la salle d’honneur du Musée national Zurich.