Matthias Bürgi studierte an der ETH Zürich Umweltnaturwissenschaften und promovierte dort zum Waldgeschichte des 19. und 20. Jahrhunderts im Zürcher Unter- und Weinland. Nach Forschungsaufenthalten an der Harvard University und an der University of Wisconsin, Madison, war er Oberassistent an der Professur für Natur- und Landschaftsschutz an der ETH Zürich. Ab 2006 leitete er die Gruppe Landschaftsökologie an der Eidgenössischen Forschungsanstalt für Wald, Schnee und Landschaft WSL, Birmensdorf, wo er seit 2013 die Forschungseinheit Landschaftsdynamik leitet. Als Privatdozent für Landschaftsgeschichte lehrt er am Geographischen Institut der Universität Bern. In seinen Forschungsprojekten interessiert sich Matthias Bürgi für historisch-ökologische Fragestellungen, insbesondere die Veränderungen in der Landnutzung und die darauf resultierenden Folgen für die Landschaften und Lebensräume.